La classification du Ragondin a été difficile à établir à ses débuts, soit du fait de la mauvaise connaissance de l'animal, soit du fait de la confusion avec d'autres animaux pourtant éloignés systématiquement.

C'est en 1782 que Molina, dans ses «Essais sur l'histoire naturelle du Chili» signala et décrivit sous le nom de Coypu (Mus coypus) une espèce de rat d'eau de la grosseur d'une loutre (le terme de coypus est dérivé de mots indiens: co = eau; ipun = se déplacer majestueusement).

Il faut attendre 1801 pour que Don Félix d'Azara, dans ses «Essais sur l'histoire naturelle des quadrupèdes», décrive à son tour sous le nom de Quouiya une espèce nouvelle de cabiai ou d'agouti, abondante près de Buenos Aires, animal appelé nutria (Loutrel par les Espagnols et assimilé par eux à cette dernière).

Par la suite, se sont succédées les appellations scientifiques de Myocastor, Myopotamus, Hydromys, Potamys, Guillinomys, Mastonotus, auxquelles il faut ajouter, suivant les époques et les pays, les dénominations communes de nutria, coypu, quouiya, Castor des marais, Castor du Chili, Castor de la Plata, Ragondin ...

La classification systématique actuelle place le Ragondin parmi les Rongeurs, tout en le distinguant des véritables rats auxquels ils sont souvent apparentés à tord.