Le ragondin est inféodé aux alentours immédiats des bords de rives et pratique l’opportunisme herbivore : il consomme tout ce qui est accessible au plus près. Sa consommation avoisine 30 % de son poids corporel par jour. Ces besoins nutritionnels sont en grande partie couverts par la végétation naturelle qui ne peut suffire lorsque les effectifs sont au maximum et/ou que sa disponibilité diminue. C’est donc à cette période que l’on constate des dégâts aux cultures. Ceux-ci sont généralement de faible superficie et localisés sur une bande n’excédant que rarement les 20 mètres de large, sur les extrémités des champs longeant les voies d’eau. Ce phénomène est d’autant plus accentué que la culture est en bordure immédiate de la voie d’eau.

Les dégâts sont variables selon l’essence :

• Le maïs est de loin la culture la plus fréquemment endommagée (41% des cas), non pas par préférence mais surtout parce qu’elle est la plus fréquente à proximité des zones humides. Cette culture est attaquée à deux stades différents : elle est broutée au stade plantule en mai-juillet, puis les épis sont consommés dès leur montée en lait (août-octobre). C’est à ce dernier stade que les dégâts sont les plus importants, et reconnaissables aux tiges couchées ou coupées en biseaux à 40 cm du sol.

• Les céréales (blé, orge, avoine) sont les secondes cultures les plus visitées (20%). Les dégâts ont lieu principalement en début de printemps par broutage des jeunes feuilles, puis en été où l’on assiste au couchage des plantes pour la consommation des jeunes épis.

• Les graminées fourragères arrivent en troisième position (19% des cas). Les graminées prairiales sont la base de l’alimentation du ragondin tout au long de l’année (70 à 90% du régime), et plus particulièrement de novembre à avril. Les feuilles et les tiges sont broutées assez près du sol sur des bandes de 5 à 10 mètres de large le long des voies d’eau.

• Les autres cultures sont moins visitées par le ragondin ; il faut cependant noter une incidence non négligeable sur les plantations (7%), notamment sur les très jeunes tiges de peupliers, et sur certaines cultures légumières comme les betteraves (4%).

Les ragondins sont toutefois très dépendants des plantes aquatiques et hygrophiles, et ce, même en présence de cultures. Deux hypothèses permettent de l’expliquer :
En effet, le comportement anti-prédateur de ces animaux est de retourner à l’eau, de nager en surface ou rester immobile dans l’eau assez longtemps. D’où la préférence des ragondins à rester près des cours d’eau.

On peut noter quand même que le rôle joué dans l'entretien des formations végétales palustres (faucardage des laîches, des roseaux) et dans la limitation des plantes aquatiques (lentilles, callitriches) présente un certain intérêt écologique lorsque la densité de population de ragondin n’est pas trop importante.

En ce qui concerne les ouvrages, tels que les digues, les barrages et même les routes, le creusage des terriers peut conduire à un risque de déstabilisation. Ces dégâts, entraînent évidemment des préjudices importants et onéreux pour les collectivités qui sont chargées de leurs entretiens.
On rejoint le problème des berges exploitées jusqu’à l’extrême limite. La disparition des ripisylves a accentué l’effet secondaire des ragondins dans l’écroulement des berges, et la dynamique naturelle des cours d’eau est fortement restreinte. La aussi, la stabilité des berges est étroitement liée à la présence de ligneux sur les bords de rives, sans oublier que l’aménagement des bordures de rivières n’est pas sans risque et que le ragondin fait partie intégrante des risques naturels.

Comme beaucoup d’autres espèces, le ragondin peut être vecteur de maladies d’origines bactériennes ou virales, transmissibles ou non à l’homme. De même, un certain nombre de parasites (endoparasites et ectoparasites) peuvent être mis en évidence.

Leptospirose : maladie bactérienne ayant de multiples variantes sérologiques, le sérogroupe Icterohaemorrhagiae étant le plus répandu. Les bactéries sont rejetées dans le milieu extérieur via les urines des rongeurs. La contamination s’effectue au niveau d’une plaie ou d’une peau macérée par une immersion longue dans une eau contaminée. A noter que l’infection ne peut se produire que dans une eau plutôt stagnante et en aucun cas par la salive des animaux, les morsures ne jouent donc pas un rôle direct dans la contamination mais sont à l’origine d’une plaie. Le ragondin n’est en fait qu’un réservoir supplémentaire de la bactérie. Le vecteur le plus important de cette maladie, aussi connue sous le nom de maladie des égoutiers, est le surmulot, souvent établi très près de l’homme.
La période d’incubation de la maladie est d’environ 15 jours. Les premiers symptômes associent fièvre, frissons, douleurs musculaires et céphalées. En quelques jours les signes évoluent avec des atteintes viscérale, hépatique, rénale voir une méningite hémorragique (saignements diffus). Le développement d'une réponse immunitaire peut entraîner une élimination des bactéries et la guérison mais, le germe peut également persister dans des sites privilégiés comme les tubes rénaux proximaux, le cerveau, la chambre antérieure de l'œil ou le tractus génital. Quelques cas de mortalité peuvent être relevé mais reste très minimes.

Douve du foie (Fasciola hepatica) : trématode endoparasite responsable de la fasciolose essentiellement chez les ovins. Cependant, la forme adulte peut se développer chez le ragondin considéré comme porteur sain pouvant parfois être secondairement atteint.
La douve du foie prospère dans le foie: hématophage, elle se nourrit du sang des capillaires de la paroi des canaux biliaires, grandit puis se reproduit. Les oeufs sont expulsés par les excréments. Après un cycle comprenant plusieurs hôtes intermédiaires, le parasite se retrouve sur les herbes, l’infestation des animaux se produit après ingestion des végétaux porteurs.
La fasciolose se traduit par un mauvais état général évoluant de façon sub-chronique, une baisse de forme, des alternances de diarrhée et de constipation, des coliques légères.
Elle peut, beaucoup plus rarement affecter les humains.

La coxiellose, ou fièvre Q, due à la bactérie Coxiella burnetii est une maladie infectieuse transmise aux hommes par des animaux (zoonose). Silencieuse dans la moitié des cas, elle peut être source d’un état grippal et guérit spontanément le plus souvent sauf dans les cas chroniques pour lesquels les complications peuvent parfois conduire au décès en l'absence de traitement.
Les animaux infectés peuvent présenter une infection placentaire conduisant à des avortements. La contamination se fait par inhalation d’aérosols ou de poussières contaminées par les bactéries présentent notamment dans les produits de mise bas et les déjections des animaux infectés. Par ailleurs, une contamination alimentaire par du lait cru et les produits laitiers qui en découlent est également possible. Cette maladie affecte plus particulièrement les personnes travaillant au contact du bétail (éleveurs, vétérinaires, personnel des abattoirs).

Le ragondin est en concurrence avec plusieurs autres espèces pour la nourriture (canards, campagnol amphibie…), la quantité de nourriture ingérée représentant une biomasse importante et très limitante pour les autres espèces. De plus les méthodes de régulation destinées au ragondin, et surtout la lutte chimique, se répercutent sur l’ensemble de la faune locale. Sa présence peut gêner par effet direct ou indirect le rat musqué avec lequel il cohabite parfois.
Son impact sur la végétation naturelle (riveraine et aquatique) n’est pas négligeable lorsque l’on considère de forte densité de population. De plus, la perturbation indirecte des pontes d’oiseaux, d’amphibiens ou de poissons par la modification du milieu et l'endommagement des frayères peut être considérable.

Toutefois, il est important de noter que cette problématique relève plus de la surpopulation que de l’espèce même.